SMP Zainuddin Ngeni Waru adalah sekolah lanjutan yang mengutamakan pendidikan agama dalam penerapan pembelajaran setiap hari yang dilaksanakan pada setiap hari mulai hari Senin s/d Sabtu pukul 07.00 WIB s/d 14.00 WIB.
SMP Zainuddin Ngeni Waru menerapkan Kurikulum 2013 yang berpedoman pada peraturan yang telah ditetapkan oleh Dinas Pendidikan sebagaimana berlaku SMP Zainuddin juga menggunakan kurikulum lembaga antara lain Al-Qur’an, Bahasa Arab dan Pendidikan Agama (Aqidah Akhaq, Fiqih, SKI) guna tercapainya siswa yang religius, berakhlaqul karimah, berprestasi dan berwawasan global.
