Proses belajar mengajar di sekolah tentu saja perlu ditunjang dengan fasilitas-fasilitas yang memadai agar bisa memaksimalkan potensi yang dimiliki anak didik. SMP Zainuddin mempersiapkan hal tersebut dengan memberikan fasilitas-fasilitas sebagai berikut :
- Lokasi belajar yang representatif
- Gedung milik sendiri berlantai tiga
- Kelas multimedia (LCD Proyektor dan sound system di tiap kelas)
- Musholla
- Lapangan olah raga
- Laboratorium komputer
- Laboratorium IPA
- Kantin
- Perpustakaan
- Pojok literasi
- Unit Kesehatan Sekolah
- Studio Musik
- Free WiFi
